Hakhoutbeheer voorziet in gunstige leefomstandigheden voor diverse lichtminnende bos- en zoomplanten, omdat open plekken op de bosbodem worden gecreëerd. Zonder hakhoutbeheer ontstaat opgaand bos waarin de hoeveelheid licht die de bosbodem bereikt in de loop der jaren afneemt. Schaduwtolerante bosplanten met een sterke vegetatieve vermeerdering, zoals klimop en adelaarsvaren, kunnen dan in de kruidlaag gaan overheersen en de meer lichtminnende soorten wegconcurreren. Veel kruiden kunnen zich in de schaduw nog wel handhaven, maar komen niet tot bloei en zaadzetting. Door ophoping van strooisel ontstaan er in een gesloten bos vaak dikke strooisellagen. In een beschaduwde strooisellaag kunnen maar weinig kruiden ontkiemen zodat er ook geen nieuwe groeiplaatsen ontstaan. Uiteindelijk zullen bij het rooien of omwaaien van de bomen weer gunstige kiemingsomstandigheden kunnen ontstaan, maar deze cyclus duurt voor veel soorten te lang. Hakhoutbeheer betekent kleinschaligheid met diverse bosstadia op korte afstand van elkaar en in een relatief korte cyclus op dezelfde plek.
Soorten die bij uitstek van hakhoutbeheer profiteren vinden we vooral in de Zuid-Limburgse hellingbossen. Verschillende orchideeënsoorten als mannetjesorchis, vliegenorchis, purperorchis en soldaatje danken hun voortbestaan in ons land grotendeels aan het in Zuid-Limburg toegepaste middenbosbeheer (hakhout met overstaanders). Doordat deze vorm van hakhoutbeheer in onbruik is geraakt, zijn deze soorten de laatste decennia sterk afgenomen. In andere delen van het land profiteren weer andere soorten van hakhoutbeheer. Het zijn vooral zoomplanten, zoals dichte bermzegge, welriekende agrimonie, knollathyrus, fraai hertshooi en diverse soorten havikskruiden, die profiteren van de gunstigere lichtomstandigheden in dergelijke percelen.
Bij de werkzaamheden tijdens het herstel van eikenhakhout is het gevaar dat aanwezige plantensoorten beschadigen of vernietigd worden. Het is daarom zeer aan te bevelen om tijdens de eerste monitoring deze doelsoorten te markeren.