Eeuwen geleden was de naam van een dier (of plant) geen probleem: voor elke soort die in het dagelijks leven een rol speelde was er een naam: hond, kat, koe of vlinder. Voor de dagvlinder gebruikte men vele traditionele Nederlandse en Friese dialectnamen. Interessant maar verwarrend.
Toen de verre reizen begonnen, en men ook verzamelingen begon aan te leggen in kabinetten, werd het lastiger. Als je een lijst wilde maken van je kabinet of exemplaren wilde ruilen waren ondubbelzinnige namen nodig. Lange tijd gebruikte men bij wijze van naam een korte, beschrijvende zin: de diagnose. Deze diagnose bevatte de naam van de groep waartoe de soort behoorde (het zogenoemde geslacht of genus) en vervolgens een aanduiding waarin de soort van alle andere soorten van hetzelfde geslacht verschilde.
Het opschrijven en onthouden van soortnamen was omslachtig en tijdrovend. Hierdoor ontstond de gewoonte om in de marge van een boek een code te schrijven die naar de diagnose verwees; die code werd als de 'triviale naam' aangeduid, 'de naam voor gewone mensen'. De eerste die dat voor dieren consequent deed, ook in druk, was de Zweedse geleerde Linnaeus in een boek uit 1758. Dat was een doorbraak. Van toen af aan had je voor het precieze begrip van wat een soort was nog wel de diagnose nodig, maar kon je over de soort schrijven en spreken door te volstaan met de combinatie van de geslachtsnaam en de triviale naam. En dat is nu nog steeds het geval.
In de twintigste eeuw werd onderkend dat een soort er in het ene deel van zijn verspreidingsgebied vaak een beetje anders uitzag dan elders. Zoölogen gebruiken, om die geografische verschillen aan te geven, het begrip ondersoort en duiden die aan door een derde woord aan de naam toe te voegen. Een voorbeeld hiervan is de alleen in Nederland voorkomende ondersoort van de grote vuurvlinder: Lycaena dispar batava. Deze toevoeging voor een ondersoort is de enige uitzondering op het voorschrift dat een wetenschappelijke soortnaam uit twee woorden moet bestaan. Een ander voorschrift is dat deze woorden in Romeins schrift moeten zijn en in het Latijn, of iets dat daarop lijkt. Dat was in Linnaeus' tijd natuurlijk vanzelfsprekend, en nu is het een zegen omdat de namen in alle talen en schriften hetzelfde zijn. De geslachtsnaam wordt altijd met een hoofdletter geschreven, de triviale naam nooit. Beide namen worden meestal cursief geschreven; dat is geen bindend voorschrift, maar wel handig.
Naarmate er meer soorten bekend zijn geworden, is ook het inzicht gegroeid in de verwantschappen tussen soorten onderling. Ook nieuwe, moderne onderzoeksmethoden hebben daartoe geleid. Als gevolg daarvan is men vaak tot de conclusie gekomen dat een soort in een ander geslacht thuishoort dan waarin deze oorspronkelijk was geplaatst. Mogelijk is er zelfs een nieuwe geslachtsnaam gecreëerd om een of meer soorten in onder te brengen. In dat geval wordt de triviale naam van de betreffende soort gecombineerd met de andere, eventueel dus nieuwe, geslachtsnaam.
Het is natuurlijk onvermijdelijk dat soms twee onderzoekers, onafhankelijk van elkaar, dezelfde tot dan toe onbekende soort een naam geven. Dan ontstaat de situatie dat er twee namen zijn voor een soort: synonymie. Dat is natuurlijk verwarrend en moet worden gecorrigeerd. In dat geval geldt de regel dat de oudste naam de geldige is: de zogenoemde prioriteitsregel.
Omgekeerd komt het ook voor dat twee onderzoekers elk dezelfde naam geven, maar aan verschillende soorten: homonymie. Homonymie kan nog veel meer verwarring geven dan synonymie. Ook bij homonymie geldt prioriteit: de soort die het eerst benoemd is houdt de naam; de andere soort moet een nieuwe naam krijgen. Homonymie kan ook ontstaan wanneer twee soorten die tot dusver in aparte geslachten zaten, maar die toevalligerwijze dezelfde triviale naam hebben, naderhand tot eenzelfde geslacht worden gerekend. Voor complicaties van dit type (en er zijn er nog veel meer denkbaar) bestaan regels. Het kan echter ook nodig zijn dat een bindende uitspraak wordt gevraagd aan een speciaal daarvoor bestaande internationale nomenclatuurcommissie.
Vaak wordt de soortnaam gevolgd door de naam van degene die de soort benoemd heeft, samen met het jaartal waarin dit werd gepubliceerd. Dat is niet tot meerdere eer en glorie van de auteur! Het geeft vaak een snelle aanwijzing naar de bron van de beschrijving. Maar vooral is het van belang om te doorzien of er mogelijk complicaties kunnen spelen van het type zoals genoemd onder het kopje ‘Complicaties’.
Het is een regel dat de naam van de auteur tussen haakjes wordt gezet in die gevallen dat de combinatie van geslachtsnaam en triviale naam niet meer dezelfde is als in de oorspronkelijke beschrijving.
Zoals gezegd worden groepen van verwante soorten samengenomen in een geslacht (= genus, meervoud genera). Op soortgelijke wijze worden genera samengenomen in families, families weer in orden, en orden in klassen. Er bestaan nog tussenniveaus, maar die worden hier buiten beschouwing gelaten. Bij de vlinders bestaat er bijvoorbeeld een geslacht Noctua, dat hoort in de familie Noctuidae, in de orde Lepidoptera (= vlinders) en in de klasse Insecta. Ook voor de naamgeving van deze hogere niveaus bestaan regels: één woord, (potjes-)Latijn, en in gevallen van homonymie en synonymie geldt ook hier de prioriteitsregel.
In de 18e en 19e eeuw begon men te onderkennen dat er véél meer soorten waren dan men voordien had herkend. Overal begon men toen met het beschrijven van soorten uit die enorme verscheidenheid. Niet zelden werden honderden nieuwe soorten beschreven in één boek. Maar doordat men nog nauwelijks wist wat een soort was, en dus allerlei variaties als soorten werden beschreven, en ook doordat men door gebrekkige communicatie vaak elkaars werk niet goed kende, ontstond er een wirwar van synoniemen (en ook wel homoniemen). Het ontrafelen ervan, en vervolgens correct toepassen van de regels van de nomenclatuur, is een moeizaam karwei dat nog steeds niet helemaal is afgerond. In verschillende boeken zijn samenvattingen verschenen van het resultaat, catalogi van alle geldige namen van de vlinders in een gebied. De meest recente catalogus is geen boek meer, maar een website Fauna Europaea. De naamgeving op deze website is hierop gebaseerd.
We zijn gewend om te zeggen dat soort x in heel Europa voorkomt. Wat daarmee eigenlijk bedoeld wordt is dat in heel Europa op allerlei plaatsen aparte populaties van die soort voorkomen. Binnen elk van die populaties paren dieren met elkaar en wisselen hun genen uit. Dat gebeurt in veel mindere mate ook tússen populaties, namelijk wanneer een dier van de ene populatie naar een andere populatie is verdwaald. Uiteindelijk hangen al die populaties genetisch echter wel met elkaar samen en dat is precies wat een soort tot een soort maakt. Door die netwerkachtige, vooral bij weinig mobiele soorten vrij losse structuur, is de uitwisseling van genen van de ene naar de andere uithoek van het verspreidingsgebied van de soort een heel langzame geschiedenis.
Die trage uitwisseling van genen maakt dat populaties in een uithoek van het verspreidingsgebied of geografisch geïsoleerde populaties een ietwat afwijkend uiterlijk kunnen krijgen. Dergelijke populaties worden wel als ondersoorten (= subspecies) onderscheiden en benoemd. In wezen is het echter een subjectieve aangelegenheid om te bepalen wat nog wel - en wat niet meer - als ondersoort wordt aangemerkt. Bij planten liggen de grenzen tussen soorten veel minder scherp dan bij dieren; vooral daarom hanteren botanici een ander ondersoortbegrip. Terwijl in de zoölogie ondersoorten elkaar altijd geografisch uitsluiten is dat in de botanie niet het geval.
Ook individuen binnen één populatie zijn natuurlijk nooit gelijk: er is variatie (de bekendste variatie, die haast nooit als zodanig wordt benoemd, is het voorkomen van mannetjes en vrouwtjes). Een vlekje op de vleugel kan bij een bepaald individu wat groter zijn, de hele vleugel kan in meerdere of mindere mate verdonkerd zijn, enzovoort. Een tijdlang heeft men geprobeerd hierin een soort systematiek aan te brengen. De vorm die het meest voorkomt werd tot 'forma typica' (nominaatvorm) verklaard en alle afwijkingen daarvan kregen een naam. Tegenwoordig wordt dit niet meer als zinvol gezien en alle namen die aan vormen zijn gegeven spelen daarom ook geen rol in de wetenschappelijke naamgeving.
Vormen zijn een normaal onderdeel van de variabiliteit van een soort. In uiterst zeldzame gevallen kunnen afwijkingen optreden doordat er iets is mis gegaan met de ontwikkeling van een individu. Een voorbeeld daarvan is een dagpauwoog zonder oogvlekken. Bij vlinders gebeurt het ook een enkele maal dat de ene lengtehelft van de vlinder mannelijk is en de andere vrouwelijk (uitwendig goed te zien bij soorten waarbij het mannetje sterk geveerde antennen heeft, zoals bij de tauvlinder); men spreekt in dat geval van een intersexe.
Linnaeus, C. (1758-1759). Systema naturae per regna tria naturae, secundum classes, ordines, genera, species, cum characteribus, differentiis, synonymis, locis. 1. Editio decima, reformata.