De volgende soorten lijken sterk op elkaar:
Eupithecia pulchellata
- de buitenkant van de middenband is bij de voorrand ingedeukt (zie de pijl op de foto hiernaast)
- de tekening op de voor- en achtervleugel is helder en vrij scherp
- de vingerhoedskruiddwergspanner (E. pulchellata) is over het algemeen groter dan de vlasbekdwergspanner (E. linariata)
- waardplant: vingerhoedskruid (ook de cultivars)
Eupithecia linariata
- de buitenkant van de middenband is bij de voorrand niet of nauwelijks ingedeukt (zie de pijl op de foto hiernaast)
- de tekening op de voor- en achtervleugel is vrij flets en minder scherp
- de vlasbekdwergspanner (E. linariata) is over het algemeen kleiner dan de vingerhoedskruiddwergspanner (E. pulchellata)
- waardplant: vlasleeuwenbekje